이 약은 일반적으로 아래 투여법에 의해 투여하나, 증례(증상의 예) 또는 적용부위, 목적에 의해 결정한다. 보통 이 약 투여 후, 전혈응고시간(Lee-White법) 또는 전혈활성화부분 트롬보플라스틴 시간(WBAPTT)이 정상치의 2~3배가 되도록 연령, 증상에 따라 용량을 조절한다. 체외순환시(혈액투석)의 사용법 인공신장에서는 각 환자의 적절한 투여량을 투석전에 각각의 헤파린 감수성시험의 결과에 근거하여 산출하나, 전신 헤파린화법의 경우, 통상 투석개시에 앞서 1,000~5,000단위를 투여하고, 투석개시 후에는 1시간당 500~1,500단위를 지속적으로 또는 1시간마다 500~1,500단위를 간헐적으로 추가한다. 국소 헤파린화법의 경우에는 1시간당 1,500~2,500단위를 지속 주입하고, 체내 관류시에 프로타민황산염으로 중화한다.